Джанкой (с тюркского – «милая деревня») появился сравнительно недавно, во времена Крымского ханства. Располагался он в начале своего существования по левую сторону от большой Чонгарской дороги и имел всего два десятка дворов. Эта небольшая деревушка привлекала проезжих своим самоизливающимся колодцем, который ныне уже не сыщешь.

Впервые документально Джанкой упоминается в Камеральном описании Крыма, датированном 1784 годом. Довольно продолжительное время он относился к Богемской волости Перекопского уезда Таврической губернии. До II половины XIX века большинством его жителей были немцы-колонисты, которые преимущественно занимались земледелием и животноводством.

Переломным моментом для Джанкоя стал 1871 год. В это время начинается строительство Лозово-Севастопольской железной дороги. В деревушку съезжаются строители, которые селятся в деревянных землянках и бараках вдоль железнодорожного полотна. Именно благодаря этим строениям образовалась одна из первых джанкойских улиц  - Крымская, название которой сохранилось до наших дней.

Со 2 июня 1874 года начинает действовать новоиспеченная Лозово-Севастопольская железная дорога. Джанкой получает связь с Симферополем и российскими центральными районами. Из простой станции в узловую он перевоплощается после открытия в 1892 году железной дороги от Джанкоя к Феодосии.

В это время деревушка интенсивно застраивается. На ее территории возводится мельница, самая крупная тогда в Крыму. В 1890 году открывается церковно-приходская школа, а в 1896 году – первая начальная двухклассная. Учились дети в школе за счет своих родителей. Кроме того, появляется церковь, синагога, мечеть и даже, вместе с тем, игорный клуб, где процветали азартные игры. За собранные с населения средства в 1917 году было закончено строительство первого среднего учебного заведения в поселке – гимназии.

С ноября 1921 года Джанкой становится центром Джанкойского округа, а с 1923 года – Джанкойского района.

Такое ускоренное развитие Джанкоя способствовало тому, что в 1926 году он получает статус города. Количество его населения стремительно увеличивается: если в 1923 году насчитывалось около семи тысяч человек, то в 1939 году жителей уже было более девятнадцати тысяч.

С 31 октября 1941 года по 11 апреля 1944 года Джанкой был оккупирован немецко-фашистскими захватчиками.

После Великой Отечественной войны город довольно быстро восстанавливается. Налаживается работа множества предприятий, начинают появляться новые.

В период строительства Северо-Крымского канала (1961 - 1963гг.) Джанкой является одним из опорных пунктов данной стройки.

В 1963 году в 15 километрах от Джанкоя обнаружили месторождение газа, которое начали эксплуатировать в 1966 году.

Современный Джанкой разделен двумя важными магистралями государственного значения – железнодорожной (симферопольское и керченское направление) и автомобильной (трасса Харьков-Симферополь).